La structure actuelle de cette école coranique fut édifiée vers 1570 par les saadiens et restaurée en 1950. Elle est l’œuvre du sultan saadien Abdellah Al Ghalib qui en acheva la construction en 1564-1565.

Le nom Ben Youssef vient du sultan almoravide Ali Ben Youssef.

La medersa fut durant plus de quatre siècles un foyer d’accueil pour les étudiants en soif de connaissances dans diverses sciences, notamment en théologie. Elle disposait de 132 chambres destinées aux étudiants non originaires de Marrakech et pouvait accueillir jusqu’à 900 étudiants. A l’opposé de la porte d’entrée, de l’autre côté du bassin rectangulaire, s’ouvre la salle de prières constituée de trois nefs délimitées par des piliers de marbre supportant des arcs aux façades ciselées de motifs d’ornementation. La nef centrale donne donne sur une petite salle en demi-cercle dont l’ouverture est somptueusement décorée de motifs floraux et géométriques. Cette salle recèle le mirhab décoré d’une dentelle de plâtre sculpté formant des alvéoles.

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